Как ФНС начислять пени при налоговой реконструкции?

Точку в этом вопросе поставил Верховный суд во второй половине 2024 года: Определение ВС РФ от 04.09.2024 N 307-ЭС24-5688

Напомним суть дела. Налоговики в ходе проверки идентифицировали схему дробления. Проверяемая компания формально переводило часть деятельности по торговле на взаимозависимое лицо и экономила на налогах за счет спецрежима УСН. Инспекторы объединили показатели двух компаний и установили неуплату НДС, а также завышение убытков по налогу на прибыль. Также при реконструкции были начислены пени без учета налогов и сроков их уплаты на УСН.

Компания оспорила такое начисление в суде. Однако судьи трех нижестоящих инстанций последовательно признавали правоту налоговиков и отказывали в пересчете пеней. Исходили они при этом из следующего:

В созданной схеме дробления компании платили налоги по спецрежимам, а «новая» обязанность возникла по НДС; .
Подход, по которому доначисленные налоги должны уменьшить так, как если бы налоги, которые перечисляли участники схемы, уплачивал налогоплательщик-организатор, нельзя применить к НДС.
Данный подход применим к налогу на прибыль и мотивирован сходством правовой природы налога на прибыль и налога по УСН.
Пени за неуплату НДС начислили верно.

Не согласился с такими заключениями только Верховный суд. Рассуждения предыдущих инстанций он счел ошибочными и указал на правильный подход:

При определении момента исполнения налоговых обязательств по НДС надо учитывать, что доходы и налоги, уплаченные участниками схемы, объединили. При этом каждый участник в срок уплачивал в бюджет налоги по спецрежиму;
Участники схемы исполнили обязательства в момент перечисления в бюджет денег в счет уплаты налогов в связи с деятельностью, доход от которой вменили организатору. Оснований полагать, что у бюджета есть потери и нужна компенсация в виде начисления пеней, нет;
Уплаченный налог на спецрежиме подлежит зачету в счет долга не только по налогу на прибыль, но и по НДС. При оценке правомерности взыскания пеней надо учитывать состояние расчетов плательщика с бюджетом в период между возникновением обязанности по уплате налога и ее исполнением.

Таким образом, ФНС при реконструкции может начислить пени только с учетом сумм и сроков налогов, уже уплаченных на спецрежиме. При этом не имеет значения, был ли доначислен налог на прибыль или НДС.

Много разборов судебных дел и полезных выводов и кейсов по ним – на нашем новом курсе Налоговый контроль 2025. Ждем вас очно в Москве и онлайн!